峰图伴侣,老板再也不用担心我的Sanger测序结果看不懂了
当我们拿到测序结果后,随之而来三连疑问?
QS和CRL是什么鬼?“.ab1”和“.seq”文件谁才是真正的王者?嫉妒别人完美测序结果的柠檬精是不是只有我一个?
何必因为不会分析Sanger测序结果而烦恼?今天,我们来为大家介绍一下几种常见的测序结果特点及解决方案。
首先,我们来了解几个简单的概念
QV:碱基的质量值(Quality Value,QV)用于量化评估该碱基的可信度,由序列分析程序根据该碱基的峰形计算得出。QV值越高,误差率越低。
QS:测序结果的序列质量得分(Quality Score, QS)是序列中所有碱基质量值(Quality Value)的平均值,用于判断测序结果整体的可信度。
CRL:序列连续读长(Contiguous Read Length,CRL)。即整个序列中,各个碱基质量值均大于20(可信度大于99%)的片段里,最长片段的长度。
针对常规质粒样品,通常以QS和CRL值作为判定测序结果是否成功的参考。
下面我们介绍一下常见的几种测序结果的峰图
1. 正常峰图特征描述:峰形比较完整,基本为单一峰形
2.无信号峰图特征描述:序列峰图杂乱无章,测序干扰较大,没有明显主峰
3.衰减峰图特征描述:起始峰图良好,逐渐出现底峰干扰主峰读值
4.中断峰图特征描述:序列中含有特殊结构或因GC含量高导致测序中断——中断峰图实例
5.套峰峰图特征描述:测序峰图为非单一峰型,称之为套峰
6. 弥散峰图特征描述:峰形过宽,无法准确读值
7. Poly结构或重复序列峰图特征描述:序列中含有Poly结构导致非特异套峰或中断
◆ Poly A结构导致此区域后面产生非特异性套峰
◆ GT重复序列导致此区域后面产生非特异性套峰
Poly结构或重复序列峰图实例